牧場の多いミシガン州では春夏秋冬を通して忙しく、それぞれの季節特有の問題が発生する。特にベビーブームが訪れる春は出産に関する緊急事態が多発。ドクター・ポールたちに呼び出しがかかるが、牛などの大型動物を扱う場合は緊張が走る。一歩間違えれば命の危険にさらされるからだ。足に異常がある牛や、太り過ぎの豚、そして気性が激しいロバなど、身の安全を確保しながらドクター・ポールたちは治療に奮闘する。
生まれてくるはずの子牛が突然姿を消したレオンさんの農場、オモチャを飲み込んでしまった獰猛なブルドッグ、骨折で産道が塞がれた母牛、強烈なキックとツバ攻撃を仕掛けるキュートなアルパカ、立ち上がれなくなったブタ、ドクター・ブレンダを押し潰しそうになる牛、ペディキュアが必要なヤギ、モゾモゾ這い回る虫の大群、そして、愛犬とのつらい別れ…。ポール動物病院で今日も繰り広げられるやっぱりフツーじゃない笑いと涙の物語。
ポール動物病院にはさまざまな動物が治療に訪れるが、その中から犬にフォーカス。病院ではおよそ4万匹の犬の患畜を抱えている。命を脅かす感染症に苦しみ隔離される犬や、車にひかれて負傷し手術を受ける犬など、人間の親友である犬たちをチーム・ポールは懸命に治療する。犬たちは元の元気な姿を取り戻せるのか。さらにチーム・ポールの仲間たちのプライベートをのぞき見。彼らが犬との生活を語ってくれる。
ポール動物病院に新しい獣医がやって来た！獣医になったばかりのドクター・エリザベスを待ち受けるのは、冗談の大好きな農場主、胃が変位した牛、他院での去勢手術に失敗して陰部が化膿した大型犬ブルース。やがて、初めての手術の日がやって来るのだが…。一方、目が見えないアルパカの子ども、突然歩けなくなったトナカイ、大怪我をしたラバ、仲間外れになったサラブレットとクリニックのベテランチームにも難題が降りかかる。
今回ドクター・ポールが治療するのは、ミシガン州では珍しいラクダ。さらにはハリネズミも病院にやってくる。どんな動物だろうと、彼は懸命に救いの手を差し伸べる。ドクター・エミリーは時間外に訪れた緊急事態の猫の命を救う。一方でドクター・ポールにはやるべきことがある。長年放置していた敷地内の島の整備だ。ダイアンもチャールズも一緒に家族総出で、夢の島“ポール・アイランド”の完成を目指す。
首を噛まれてフランケンシュタインのようになった子犬のサヴェージ、犬に襲われたカモのスモーキー、散弾を撃ち込まれたネコのサイモン…。戦慄のハロウィーン・シーズン到来！このお祭りが大好きなチャールズは得意のコスチュームで登場するが、今年はライバルに遭遇！一方、ポール家恒例のリンゴ狩りを始めたダイアンとヤン、初めて単独で往診に出たドクター・エリザベス、ヤギの三つ子出産に挑むドクター・エミリーと全員大忙し！
感謝祭が近づき、ドクター・ポールの息子チャールズは病院の仲間たちに手作りディナーを振る舞おうと計画。七面鳥のフライも作ろうとするが、周りからは心配される。一方で病院には不可解な傷を負った犬がやってくる。頭を抱えるドクター・ポール。果たして謎は解明できるのか。ポール動物病院の新入りドクター・エリザベスは初めて一人で牛の出産の介助に挑む。誰の助けもない状況の中、予想外の展開が待ち受ける。
朝一番にやって来たのはタナー君と子牛。そして、叫び続けるブタのお尻には大きなコブが。胃腸炎で入院することになったミニチュアダックス、散弾を浴びて苦しむシェパードのジャック、ダニに好かれた可愛い子猫のスノーボール。一方、胃変位になった妊娠中の牛を往診したエミリーは難しい手術に挑む―そんな大忙しの動物病院へやってきたポール家の愛犬フライヤ。彼女の脚に骨肉腫が見つかり、なんとも悲しい別れが待っていた…。
チャールズは激務の合間を縫って休暇に入る。しかしチャールズの不在中も病院は大忙し。人手が欲しいドクター・ポールは孫のアダムとレイチェルを呼び出す。アダムはドクター・ポールの往診に同行し、レイチェルはダイアンの事務仕事を手伝う。アダムはドクター・ポールの日常を目の当たりにし衝撃を受ける。一方でドクター・エミリーはケンカで負傷し重度の感染症に侵されたラブラドールの命を救うため大手術に挑む。
クリスマス間近なポール動物病院にやって来たのは…何でも噛みちぎる犬のティンク、耳の感染症で異臭を放つハリネズミのポーキー、脚を怪我した馬のローズ、出産が近いラブのリリー。一方、往診に出たドクター・エミリーを待ち受けていたのは子宮脱の牛や肺に水の溜まった子牛。ドクター・ポールは28歳のポニーの歯の治療を試みる。そんな中、チャールズはホリデ―シーズンを盛り上げようとイルミネーションの飾りつけを思いつく。
ポール動物病院の待合室はいつも犬でいっぱい。クリニックで最も多い患畜は犬なのだ。ドクター・ポールは犬好きとしても知られている。痛々しく脚を引きずるラブラドールや胸に深い裂傷のあるグレート・デーン、皮膚に異常が見つかったポメラニアンが次々とやって来る。ドクター・ブレンダは歯の悪いピットブルの治療を担当。歯医者さんに変身する。さらに、犬の脚にできた腫瘍を切除するために難しい手術に挑む。
雪解けの季節―ぬかるみをものともせずに車を飛ばすドクター・ポールとチャールズを待ち受けているのは牙が長すぎるブタのピート、寄生虫で倒れてしまったアルパカのシェイラ。そしてパイの日に、大好物のパイで幸せ一杯のドクター・エミリーが向かった牧場では母馬のルーシーが血栓で倒れていた。一方、外来にはスカンクに攻撃されて発作を起こしたテリアのブロンテが。やがて、腹膜炎で重症のプードル、スターの大手術が行われる。
ドクター・エミリーがポール動物病院にやってきて2年が経った。どんどん経験を積み獣医師としての実力を大いに発揮している彼女は、持ち前のタフさを武器に難しいと思われる症状にも果敢に立ち向かう。そして多忙を極めるクリニックにはドクター・エミリーの夫、トニーが新たなメンバーとして加わる。家族との時間も大切にしながら、ドクター・エミリーは複数の病に苦しむ犬や、治療法のない疾患を持つ子犬を必死で救う。
いまだ雪景色が広がるミシガン―そこで気分を変えてトロピカルな鳥の健康診断へ。一方、クリニックにはケンカで傷を負ったネコのペッパー、捻挫したチワックス、シッポを切ったグレートデーン、肺炎にかかったモルモットが。アーミッシュの農場では大切な馬の目にガンが見つかる。酪農場を始めたばかりのジェリーさんを襲う2度目の死産。吹雪の夜のヤギの難産。そして、ドクター・ポールを待っていたのは獰猛なラクダとの対決だった。
毎日さまざまな患畜が訪れるポール動物病院だが、この1週間は特に珍しいケースが続く。なんとドクター・ポールですら初めて見るという6本脚の牛がやって来る。3人の獣医師が力を合わせ、クリニック初となる6本脚の牛の手術に挑む。ドクター・ブレンダは牛の難産の介助に向かう。双子を想定して介助にあたるドクター・ブレンダ。驚きの事実が発覚する。まともに歩けない馬は蹄の異常が心配されたが、原因は意外なところに。
夏の到来で動物クリニックはますます大忙し！骨折した子牛や胃が変位した牛の治療に大奮闘するドクター・ポール。外来には元気のない子ネコのジャック、ピットブルの襲撃で全身傷を負った犬のシェイマス、アライグマに襲われたカモ、ケンカで目に傷を負ったネコのテディベアが。そして、出産の途中で逃走する牛、22歳の愛馬とのつらい別れ…。一方、チャールズはソーラーパワーやニジマスを導入してエコフレンドリー計画を進める。
ポール一家はドクター・ポールの故郷オランダから連れてきたフリージアンという品種の馬をクリニックの裏で飼っている。そのうちの1頭が待望の妊娠。もういつ出産してもおかしくない状況だ。子馬が生まれ家族が増えることを心待ちにしているドクター・ポールとダイアン。仕事の合い間に母馬の様子を見守る。そしてついに子馬が誕生する。喜びに沸くポール夫妻だが、ドクター・ポールは子馬の異常に気付く。
さて、なぜかイヌの急患が相次ぐポール動物病院。銃で撃たれたロッコ、湖で足を切ったクライド、大型犬に襲われたビーグル犬のローズ。さらに、震えが止まらない世界一小さなニワトリ、気が荒いミニチュアホースのフォジー、骨折したネコのテオも…。一方、牧場では顔に深い傷を負った馬のベイリー、農場では後部裂傷が見つかったブタのサリーが。そして、病気の子牛の往診にやってきた農場でケガをしたのはなんとチャールズだった…。
大忙しのポール動物病院に新しい獣医師、ドクター・エリンが加わる。彼女はドクター・ポールやドクター・エミリーに同行し、さっそく現場での経験を重ねる。そんな中、ドクター・エミリーは自身の初めての往診のことを思い出し、ドクター・エリンに丁寧に処置の仕方を教える。2人が治療にあたるのは胃の不調を訴える牛。言う事を聞かない牛を相手に、ドクター・エリンは教科書通りに物事は進まないことを身をもって体験する。
どんな動物でも診察するポール動物病院！今日も外来には、すぐ噛むオオハナインコのプリンセス、神経系の感染症で歩けなくなったモルモット、片目が飛び出した子ネコ、逃げ出してケガをしたヒツジ、大きな傷があるまま売りに出された牛のビッグベンが。一方、ハンフリー家の農場では12匹の子ブタがみんな同じ病気にかかってしまう。その頃、クリニックに連れて来られたのは、保護されて行き場のないセント・バーナードだった…。
