やんちゃな患者から予想だにしていなかった緊急の患者まで、次々にやってくる動物たちの対応にあたるベンとエリン。攻撃的なアルパカとラマの去勢をはじめ、死の淵をさまよう犬の救助、しこりのできたポメラニアンの手術、脚に悲惨な傷を負った馬の治療など、さまざまな動物の治療を進める。その一方で診療所のマスコットであるヤギのヴェロニカがところかまわずフンをすることに悩まされるエリンは、悩んだ結果とある決断を下す。
ベンとエリンは2つの深刻な緊急事態に立ち向かうことに。2日間たっても出産が終わらない猫の帝王切開、そして脚に深いケガを負った馬の傷の治療を前に、夫婦はそれぞれ全力で治療に臨む。さらに、ベンはアオボウシインコという珍しい鳥にできたしこりの原因を調べることになり、嫌がる鳥の相手に四苦八苦する。その一方エリンは、長男のチャーリーが飼っている猫のお世話を自分でしないことに困り果て、親子での会話を試みる。
嵐のせいで巣から落ち、危険な状態のハクトウワシが運び込まれる。ベンとエリンは急いで治療を始め、いずれは野生に戻すために必要な処置をする。息子たちも協力して、家族全員で飛んでいく姿を見守る。牧場では威嚇されながらもエミューにワクチン注射を済ませる。次は歯が伸びてしまったブタの相手をするがこちらも暴れられて苦労する。後日に鎮静剤を使って処置をするついでにベンが遊び心を出した。
ベンは息子2人と力をあわせ、州外に旅行予定の大量の馬の健康診断を進めるが、そのうちの1頭に問題が発覚する。エリンは毛が抜けてしまう症状に苦しむ老犬の治療にあたる。さらに獣医師夫婦のもとにはストレスが原因で家中をひっかいてしまう猫や、命に関わる深刻な問題を抱えた牛もやってくる。その一方、ベンは家族全員で過ごす時間をもっと増やすため、ボートの購入を提案。乗り気になった一同は、早速ボートの名前を考える。
農業クラブの活動で牛を立派に育てて品評会に出品する幼い姉妹や、車に轢かれ道路で立ち往生していた亀を助けた少年に出会い、ベンは次世代に獣医のスキルを伝えようと張り切る。エリンは自分のしっぽを攻撃してしまう猫のために大胆な手術を決行。さらに、先天異常のため肩から余分な足を生やした牛の救助に当たる。一方、夫婦は診療所のトイレの天井に不審な穴を発見。次第に天井裏から奇妙な物音が聞こえるようになる。
愛犬、ハッピーの突然の危機に、シュレーダー家は夜中に急遽病院へ向かう。大慌てで手術を進めるが事態はますます深刻に。一方で、歩けなくなってしまった馬をどうにか助けたいと相談された夫婦は診察のすえ、ある方法を提案する。さらに親を失って保護されたアライグマを野生に帰すため、自然界で生き残れるように魚を捕まえる訓練を開始。そしてエリンの学生時代からの大親友が仕事を手伝ってくれることになり、エリンは大喜び。
シュレーダー家の診療所には羽の生えた患者が次々とやってくる。ベンは足に問題があるアヒルを治療する。珍しくベンが連れ帰ってきた迷子のニワトリを、エリンが新しい家族へと送り出す。新しい家族が必要なボストン・テリアもいる。牛の除角に向かった先はインターンのケイトリンの家だ。親子が協力してやりとげる。脚を骨折した子犬の治療は夫婦で協力してやりとげる。
相変わらず動物の治療で大忙しのベンとエリン。アンティークショップで飼われている猫の診察をすることになり、アンティーク好きのエリンは大興奮。一方、ヴァルの息子が飼っているモルモットが突然体調を崩し、エリンとヴァルは決断を迫られる。さらに撃たれて重傷を負ったアカオノスリが運ばれ、ベンは急いで治療にあたる。州立公園では12頭の馬の歯科検診をすることに。そして夫婦はデートへ出かけ、そこである再会を果たす。