半世紀以上もの間、米政府はUFOの議論を避け続けてきた。しかし海軍のパイロットたちが遭遇した謎の飛行物体の極秘映像がネットで流出し、世界中を騒がせる事態となる。元上院議員のハリー・リードは調査を求め、政府関係者も徐々に動き出す。政府が避けてきたUFOの真実が、ついに明かされる時が来たのか。UFOを長年追い続けてきた調査ジャーナリストのレスリー・キーンを中心に、この長い歴史が紐解かれていく。
2008年、テキサス州にあるスティーブンビルという田舎町で何百人もの住民によるUFO目撃事件が発生した。地元記者のアンジェラは、目撃した住民たちのために、人生をかけてこの出来事を世に広めようと奮闘する。この目撃事件をさかのぼること数十年、アメリカにおけるUFO現象の始まりと、「プロジェクト・ブルーブック」という調査チームの存在、そして、アメリカが直面するUFO問題が明らかになる。
謎の未確認物体がアメリカ国防の脅威になる証拠はないとし、「プロジェクト・ブルーブック」は閉鎖され、UFOの調査も終了する。そんな中、冷戦時代真っただ中の1960年代後半に、何者かによって核ミサイル基地がシャットダウンするという事件が起き、アメリカは無防備な状態に陥る。この事件に対し秘密を守ってきた3人の元空軍当事者たちが、その沈黙を破り、当時の詳細を語る時がきた。
1986年の日本航空の機長による目撃、1997年の「フェニックスライト」、2006年のオヘア国際空港に現れた空飛ぶ円盤。何百人もの目撃者たちが声を上げているにもかかわらず、米政府からの公式発表は何もない。そんな中、世界中の政府関係者や軍のパイロットたちなどが一堂に会し、2007年、初の大々的な記者会見を決行する。彼らの体験談とは一体どんなものなのか?政府やメディアの反応は?
何十年間も秘密に包まれてきたエリア51は、UAPの噂が絶えず、答えを求めるマニアたちが殺到している。そんな中、議会はUAPに関する公聴会を開くことを決定する。