牛の妊娠検査に向かったドクター・ブレンダと、臆病な犬の診察を行うドクター・ニコール。二人とも思わぬオシッコ攻撃に苦戦する。ドクター・ポールは緊急の連絡を受け事故現場へ。そこには倒れた馬がいた。重傷を負った馬が回復する可能性はわずかしかないが、ドクター・ポールはあきらめることなく何とか助ける方法を探る。野良猫の治療をするドクター・リサは顔の腫れの原因を見つけて驚愕する。
ポール動物病院は今日も大忙し！耳の感染症で頭が傾いてしまったネコのロニー、咳が止まらないマルチーズとヨークシャーテリアのミックス犬ソフィ、結膜炎に罹った保護犬のジョーイ、アライグマにかじられたネズミ捕りの名手パイパー、フェンスに引っ掛かって顔に裂傷を負った犬のドージ、痩せている子犬のゼウス。そして、ドクター・ニコールは重症の尿路感染症でほとんど歩けなくなった大型犬セーブルの治療に取り組むのだが…。
脚をケガした猫がやってくる。どうやら何かに噛まれたようだ。治療をするが、しばらくして再び来院。なんと傷が増えていた。原因は一体何なのか。一方、交通事故で運び込まれた犬は、かなりの重傷を負っていた。飼い主は大きな選択を迫られることになる。車とぶつかった別の犬は脚を骨折。ドクター・ポールは脚を固定するための処置を行うが、そこにはドクター・ポールがメロメロになるかわいらしい見学者がいた。
ナポリタン・マスティフのオリバーは食欲不振で痩せていくばかり…。デビーさんの子犬は原因不明の食中毒で失神、ゴルフボールに当たったのは犬のヤンキー、ネコのベイビーはノミとダニで脱毛、グリフィンは家宅侵入のアライグマと果敢に対決、キツネと闘ったのはオンドリの親分ケン、キャンプでやけどを負ったのはグレート・デーンのアイヴァン！農場では12歳のポニーが助けを待っていた。そして、ダイアンは念願の馬を手に入れる。
夏は犬の来院が増える季節だ。しかし犬にとって動物病院は楽しい場所ではない。嫌がる犬たちを熟練のドクターたちが治療する。一方ドクター・ポールは最も楽しい往診へと出かける。かわいい子犬が彼の到着を待っていた。クリニックには脚をケガしたヤギがやって来る。なす術がないと思われたが、ドクター・ポールは秘密兵器を投入する。つらい人生を送ってきた馬は予想外の診断が下される。飼い主とともに乗り越えられるだろうか。
赤ちゃんがなかなか生まれないラブラドールのクージ、災難続きの3本脚になったパグ、しこりができた弱虫な猟犬ブルータス、犬に襲われたミニブタのスクーター、兄弟げんかで瞬膜が破れたネコのモー、車にはねられて骨盤を脱臼した子犬…チーム・ポールは今日も大忙し！そして、農場では痩せっぽちの馬とひとりぼっちの子牛が助けを待っていた。その頃、ドクター・ポールのお気に入り、子ネコのトミーがお隣へ引き取られることに…。
クリスマスシーズンが近づいてきた。そんな中、ドクター・ブレンダはルーフトップ・ランディング牧場のイベントに招待される。思わぬオファーを受けたドクター・ブレンダに期待が高まる。一方クリニックには目に異常のある犬が来院する。視力を失った犬は眼球を摘出することに。ドクター・リサは、ブタの往診へ向かう。しかし個性的なブタにドクター・リサは手を焼く。診断を下し治療をすることはできるのか。
謎の発作が続くピットブルのミックス、襲われたアヒルのフォード、耳が腫れ上がったネコのペドロ、仲間に羽をちぎられたオウムのルビー、咳が出るボストン・テリアの赤ちゃん、不思議な行動を取るネコのレラ、そしてポール家の新入りベンガルの子ネコ…大忙しのポール動物病院へ保護された馬のコディ―、車にはねられたハスキーのノバが運ばれる。そして、農場では巨大なしこりに悩む牛、苦痛で倒れた馬のサージが助けを待っていた。
ドクター・ポールにとってグレート・デーンは特別だ。ドクター・ニコールにとってはビーグルが特別で、深い縁がある。今回はドクター・ニコールの愛犬たちが登場。長年一緒に暮らしてきたペプシの体調が悪いためクリニックへやってくる。不安を募らせるドクター・ニコール。チーム・ポールは一丸となり治療法を探る。さらにオモチャを飲み込んだ犬や直腸脱を起こしたブタ、そして思わぬトラブルに巻き込まれたラクダの診察も。
ポール動物病院のマスコット、テイターに異変が！チーム・ポールは総力で治療に当たる。そこへ散弾銃で撃たれたビーグル、マリファナを食べてしまった小型犬のヨダ、留守番が嫌で鬱になったラブラドールのマーフィー、シカを追いかけてケガをしたマイクさんの愛犬が助けを求めてやって来る。その頃、牧場ではドクター・リサとドクター・ニコールが注射嫌いな３頭の馬にてんてこ舞い。一方、チャールズは心機一転ヒゲを剃ることにする。
ミシガン州の冬は過酷だ。冬の嵐に見舞われ、道路は凍結。診療を続けることが難しく対応に追われる。しかし危険な天候で負傷する動物は後を絶たない。ドクター・ポールらは転倒してケガをした馬や犬の治療を行う。ドクター・リサは嘔吐を繰り返す犬を診察。感染症かと思われたが、意外な原因が明らかになる。夜にやってきた急患の老犬は、苦しい状況に。ドクター・ポールと飼い主は苦痛を和らげるためにどういった決断を下すのか。
歯が悪い１５歳のヤギのマイロ、お腹が痛そうな生後５週間の子犬レイシー・ジェーン、目が腫れてしまった馬のソロモン、足にしこりができたシェルティーのリプリー、セカンドオピニオンを求めてやって来たパウラさんとビーグルのリリーがポールクリニックへ。一方、元気のない人気者のトナカイ、癒し系ヤギのボンガーニ、立ち上がらなくなったメアリーさんの牛も助けを待っていた。そこへ、親友のニワトリを連れて少年がやって来る。
ドクター・ポールの一日は日課に始まり日課で終わる。日課を終わらせクリニックに向かったドクター・ポール。肉球が異様に腫れた猫が診察にやってくる。ドクター・リサはある病気を疑っていた。ドクター・ポールは子宮捻転を起こした牛の分娩介助を行う。子牛が無事に生まれる確率はわずかだが、果たして結果は？分娩介助が大好きなドクター・ポールはダイアンにその日の報告をするのだった。
ハリネズミのフラッフィーは図書館の人気者、でも虫歯が痛くて…。そして、釣り針が唇に刺さったのは犬のルーガー、リスを追いかけて足の指を骨折したシェルティーのベラ、口臭がひどいネコのフレッチャー、掻き出すととまらないウィートン・テリア、ケンカ好きで傷だらけなネコのノーマン、一方、農場ではイボが出来たコルト君の牛、食道が詰まった30代の馬のジャック、元気がない子ブタたちがチーム・ポールの助けを持っていた。
動物の行動は予測できない。うっかり鳥を食べて不調を訴える猫が来院。飼い主は止められなかったことを悔やむ。ケガをしたチワワは同じ家に住む犬に襲われたという。体中にある噛み傷をドクター・リサが処置する。一方ドクター・ポールは様子のおかしい馬を診察する。今までにない行動を取る原因は何なのか。やんちゃな子犬は猫と仲良し。しかし目の異常でクリニックにやってくる。飼い主は猫が原因だと言い張るが…。
最近、元気がないドリーさんの愛犬シィシー、肺炎にかかった子牛のシャーロット、ヤマアラシと対決したチワワ、痩せてしまったヤギのピーナッツ、尿道閉塞で入院したネコのジギー、オートバイに轢かれた犬のジム、そして車の事故で重傷を負ったラブラドールのラジーがクリニックへ。一方、農場では脚が痛い馬のミニーやフランクさんの動けない牛がチーム・ポールの到着を待っていた。その頃、ポール牧場にはデライラの子馬が仲間入り！
クリニックの看板猫として存在感を放つテイター。邪魔になりがちなテイターのためにチャールズはキャットハウスを作ることに。テイターは気に入ってくれるのか。一方ドクター・ニコールはブタの分娩介助に向かう。ブタを診察しつつ、待っている間に別の農場へ。大忙しの彼女はマルチタスクをこなす。ドクター・ポールは喉を詰まらせたアルパカの診察を行う。急変したアルパカは別の問題も抱えていた。
大きなイボが出来たクリスさんの牛、歩けないクジャク、元気がない子牛のジョー、優しすぎるピットブル、トゲだらけの猟犬レミントン、羽を飲み込んだ子ネコのジェシー・メイ、飼い主に見放された子馬のホープが助けを求めてポールクリニックへ。そして、農場にはケンカに巻き込まれてケガをしたブタのシャーロット、太鼓腹でちゃんと歩けないミニチュアホースが…。その頃、チャールズは父の日にとっておきのプレゼントを思いつく。
ドクター・ポールは地元の野球チームの依頼で始球式に出席することに。相変わらずクリニックは忙しいが、合間を縫って投球練習に勤しむ。そして迎えた当日、意外な展開が待っていた。ヘビの愛好家が巨大なヘビを連れてきた。皮膚に異常があるが原因が分からない。ドクター・ポールは長年の経験から治療を行う。飼い主に誤って車で轢かれてしまった犬は重度の骨折を負っていた。ドクター・リサの助言のもと、回復できるのか。
気の強いガチョウに噛まれたトニーさんの犬、可愛い赤ちゃんを連れて来たロバのデイジー、青い目の子ネコを拾ったキャサリン姉妹、歯が悪い馬のシュガーと親友のラマ、散歩中に気絶したボクサー、悪性のしこりができたラブラドール、肺炎に罹ったネコのステラ、耳感染症で世界が傾いてしまったオーヴィル、顎が膨らんだトカゲのスパイク…どんな悩みもチーム・ポールが解決！そして、ドクター・ポールは退役軍人とともにワシントンへ。
