アルバート・リンが新たな宝の地図を頼りにたどり着いたのは、マヤ文明の大都市のすぐ近くで生い茂る草木や土に埋もれていたピラミッド。一方メキシコのマヤ遺跡では、最も有名なピラミッドの真下にあると思われている聖なる洞くつへ続く入り口を探し求めて、考古学者たちが泉に潜り探索する。さらに別のピラミッドから発見されたのは、ある王から贈られた儀式用の土器。この副葬品から、発見場所は知られざる王墓であることが明らかになる。
新たな宝の地図により、長年存在を知られていなかった謎のピラミッド群が発見される。調査を開始すると、残忍な生け贄の儀礼が行われていたことを示唆する驚くべき証拠が現れる。一方、ジャングルの奥地で1000年ぶりに発見されたと見られる洞窟には、古代マヤの儀礼の痕跡と思われる数々の遺物が。さらに、アルバート・リンがメキシコの水中洞窟で危険なダイビングに挑み、深い水底に広がる古代マヤの地下世界を探る。
新たな宝の地図によって発見された広大な要塞。巨大な城壁や監視塔、武器など古代マヤで大規模な戦争が起きていたことを示唆する証拠の数々。神殿跡から発掘された1500年も前の聖なる祭壇はマヤの伝説的な蛇王朝が繁栄した謎を紐解くカギを握る。アルバート・リンが訪れたのは密林の奥深くにある僻地。最先端のテクノロジーにより、ここでも古代都市同士が争っていた形跡を発見。マヤの戦争に対する従来のイメージが覆される。
ライダー技術によって、古代都市マヤの規模がこれまでの通説をはるかに上回ることが明らかになった。農業用の排水路や都市をつなぐ道路が整備されていたことから、マヤ人が大規模な農業を展開し、複雑な交易網によって繁栄していた様子が浮かび上がる。その証拠に、ある遺跡のゴミ捨て場からは、鮮やかな装飾の土器をはじめとする遺物が数多く出土する。古代都市エル・パルマールでは、アルバート・リンが新たな遺跡を捜す。